在溫暖和潮濕的氣候下，或在通風不良的環境中，包裝木箱在使用過程中經常出現變色發霉的情況，特別是六七八月的梅雨季節木箱發霉更是讓木箱廠家頭疼不已。木材發霉會使木箱的表面和邊緣變色，由于霉菌的孢子只是在木材的表面上繁殖生長，所以木材的發霉只限于木材的表面或靠近表面很淺的一層。發霉常使木材呈綠色、白色、黑色，偶爾也呈其它顏色。霉菌造成的變色常呈絮狀或斑點狀。
六七八月溫暖潮濕的環境(陽光、氧氣、水份、溫度)和微生物(真菌)的作用容易使沉積在木材表面的霉菌孢子繁殖而長霉。因此包裝木箱發霉的原因是真菌變色引起的。霉菌對環境和基物的適應性和忍耐力比蘭變菌和腐朽菌要強，霉菌對化學藥物的耐藥性也很強，甚至與某些有毒性的化學藥物接觸時仍能生長，因此在某些防腐處理后的木材上仍能發現霉變。
由于木材霉變的結果只是使木材表面變色，且變色的范圍較淺，因而可用刷子清除，也可用刨掉表面層的方法清除。霉變對熏蒸實木木箱在載重性能等各方面品質其實影響不大，因此通常不認為是缺陷。但是霉菌侵染木材后，可增加液體對木材的滲透性。從而可促進蘭變的生成。
引起木材霉變的真菌有木霉(Trichoderma sp.)、青霉(Penicillium spp.)、曲霉(Aspergillus spp.)、毛霉(Mucro)等。木霉屬真菌中最主要的是綠色木霉，受這種真菌感染的木材表面呈綠色。青霉屬和曲霉屬真菌種類很多，常見的如黑曲霉，木材感染這種霉菌后，表面呈黑色斑點，有時連成片。
木材制成包裝箱后，在使用過程中仍有可能發生變色，對于這個問題可參照我的另外一篇關于《木箱包裝霉變的原因及最佳防霉方法是什么》來進行操作，木材顏色變化的種類很多，從木材本色(白色/淡黃色/淺褐色等)變為粉色、紅色、 藍色、綠色、灰色、深灰色、褐色、灰褐色、深褐色。在包裝箱的使用及儲存過程中，一定要創造出通風干燥及避免日曬雨淋的環境。
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